口袋妖怪神兽领域中的水舰队基地是游戏剧情推进的关键场景之一，其设计融合了水域探索与反派组织据点双重特色。该基地入口隐藏在水静市右上角的海域中，玩家需使用冲浪术向北航行才能发现洞穴入口，这种隐蔽性设计增加了探索的沉浸感。基地内部结构以海洋主题贯穿，包含多层水域通道和人工建筑，部分区域需要潜水技能深入，整体布局体现了水舰队控制海洋势力的野心。基地内藏有一颗大师球作为重要道具，玩家需在击败干部后留意获取。
水舰队基地的剧情关联性极强，其触发条件需先完成火岩队基地任务并目睹凯那市潜水艇被窃事件。进入基地后，玩家将遭遇多名水舰队成员对战，其精灵阵容以水系为主，等级普遍在40-50级区间，最终需击败乘坐潜水艇逃离的干部。该场景的叙事功能在于引出水梧桐捕捉盖欧卡的核心事件，基地内对话明确提示后续需前往绿岭市追踪潜水艇动向，这种阶梯式剧情链设计保持了任务连贯性。
从关卡机制来看，水舰队基地包含若干解谜元素，例如需要特定顺序踩踏的地板机关，以及分叉路径引导玩家探索不同区域。在改版作品如口袋妖怪极光石中，基地还被赋予捕捉神兽的功能性，部分分支路线尽头可遭遇Lv.70的凤王或洛奇亚，这种设定显著提升了场景的重复利用价值。基地水域中存在可互动的训练鲸鱼NPC，虽不影响主线但丰富了环境细节。
技术层面而言，该基地的BGM采用低沉电子音效营造水下密闭空间的压迫感，墙面纹理多采用珊瑚礁与金属管道结合的贴图。在神兽领域改版中，基地美术资源被重新调配，增加了更多机械装置和发光水体特效以强化视觉辨识度。部分版本如究极绿宝石小智版还优化了NPC站位逻辑，使干部战前的路线引导更为清晰。
作为系列经典反派据点，水舰队基地的难度曲线控制得当，既要求玩家具备冲浪、潜水等秘传技能，又通过阶段性存档点降低挫败感。其核心设计理念在于通过环境叙事展现水舰队的科技实力与生态破坏意图，而改版作品通过植入神兽战和隐藏道具进一步拓展了场景深度，使该区域成为兼具功能性与故事性的复合型游戏空间。
