妖怪繁殖是培养强力队伍的重要途径，但需要注意繁殖规则和操作细节。繁殖系统允许玩家通过孵化场将两只不同性别的同蛋组妖怪配对，产下具有遗传特性的后代。繁殖前需确保妖怪属于同一蛋群且性别不同，未发现组的神兽和特殊配信妖怪无法繁殖。百变怪作为万能繁殖对象，可与多数妖怪配对，但产下的后代形态会继承另一方妖怪的特征。
妖怪繁殖的核心机制围绕蛋组和遗传特性展开。蛋组系统将妖怪分为水1组、怪物组等类别，只有同组妖怪才能配对。后代外形始终继承母体未进化形态的特征，与百变怪配对时则继承非百变怪方的形态。特性遗传具有随机性，但携带不变之石的父母方可固定后代的性格。个体值方面，子代会有五项随机继承父母的个体值，因此高个体值的父母更容易培育出优质后代。这些规则要求玩家在繁殖前需精心筛选父母妖怪的属性。
孵化场位于五号城市以南的第四路，从华蓝市穿过迪格利特洞窟经11号公路即可到达。将选定的妖怪交给工作人员后，需通过行走步数完成孵化过程，不同妖怪蛋所需的步数存在差异。缩短孵化时间的方法包括让妖怪携带圆形护符或利用火焰之躯特性加速。火红版本未直接提供提升产卵几率的道具，只能通过提高妖怪亲密度来增加成功概率。
繁殖过程中需特别注意妖怪的隐藏特性遗传机制。某些特殊技能组合可通过繁殖传递给后代，如火拳凯西等非常规技能搭配。四之岛的孵化场除繁殖功能外还能提供经验值增长服务，妖怪每步可获得4点经验值，取出费用按升级数×100计算。该设定允许玩家在等待孵化期间同步提升队伍等级，但需权衡经济成本与效率。
后期培养时建议优先选择具有隐藏特性的妖怪作为母体，并确保携带所需遗传技能。岩石系、钢系等特定种族的妖怪在繁殖时需额外考虑技能兼容性。完成全国图鉴后，跨代繁殖会解锁更多可能性，但基础规则仍以关都图鉴的匹配标准为准。系统对闪光妖怪的遗传概率设有固定算法，不受父母是否为闪光形态的影响。
繁殖系统的深度优化体现在个体值、特性、技能的三重遗传体系。玩家需要综合评估妖怪的种族值分布与战斗定位，通过多代繁殖逐步完善关键属性。游戏内未明确展示的隐藏参数如亲密度等，会间接影响繁殖效率，这要求玩家在操作过程中保持足够的耐心和资源储备。
