火影忍者手游中的秘境探险玩法共有21层，层数越高难度和奖励品质也相应提升。19-21层为落岩饰品掉落层，其中19层掉落简单品质饰品，20层掉落困难品质饰品，21层及以上均为修罗品质饰品。21层的奖励质量明显优于19层和20层，这是玩家挑战高层的主要动力。秘境层数的突破需要玩家具备足够的战力、抗魔值以及合理的战术策略。
秘境探险分为烈炎和毒风两大副本类型，每个副本又包含简单、困难、修罗三个难度等级。以烈炎秘境为例，简单难度推荐战力124819，困难难度推荐战力188520，修罗难度则需267445战力。毒风秘境的难度更高，其修罗难度推荐战力达到655340，抗魔值要求4500。玩家需要根据自身实力选择合适的挑战层数，建议从低层开始积累装备和饰品，逐步提升战力后再挑战高层。抗魔值是影响挑战成功的关键因素，若抗魔值不足，副本内的敌人会异常强大。
挑战高层秘境时，忍者选择和技能搭配尤为重要。推荐使用技能冷却时间短、攻击距离远的忍者，如宇智波鼬等具备远程输出能力的角色。近战型忍者如李洛克等由于需要贴脸输出，在应对秘境中的范围伤害技能时较为不利。秘境中的BOSS通常拥有特殊机制，例如烈火秘境BOSS会释放火壁和地火攻击，毒风秘境BOSS则具备高机动性和爆发伤害。熟悉每个秘境的BOSS技能和攻击模式是通关的必要条件。
每日挑战次数限制和奖励翻倍机制需要合理规划。玩家每天可挑战3次秘境探险，凌晨5点刷新次数，建议勾选奖励翻倍选项以最大化收益。高层秘境会掉落精良、优秀和传说品质的饰品，这些装备能显著提升角色属性和抗魔值。饰品系统是增强战力的重要途径，而秘境探险是目前获取饰品的唯一渠道。随着层数提升，玩家将面临更复杂的地形机关和更强大的敌人，需要不断优化操作技巧和团队配合。
秘境探险的挑战时间通常限制在10分钟内，这对玩家的输出效率和生存能力提出双重考验。部分秘境如落岩秘境需要利用场景中的障碍物进行卡位输出，而罡体秘境则考验玩家对霸体状态的处理能力。高层秘境中还设有特殊机制，如击败分身后可获得恢复血量的秘卷，或利用风杀阵卷轴压制霸体BOSS。这些细节设计增加了战斗的策略深度，要求玩家在限时内完成多重目标。
